Il est rarement question des années 1959-70 à l'Opéra de Paris, durant lesquelles Roger Pic officie au Palais Garnier et à l’Opéra-Comique : une dizaine de saisons encadrée par deux ères mythiques - celle de Jacques Rouché d'un côté, de l'autre celle de Rolf Liebermann -, souvent passée sous silence, parfois même décriée (Charles-François Dupêchez va jusqu'à les qualifier de naufrage). Force est pourtant de reconnaître que cette période d'instabilité a apporté au répertoire de l'Opéra son lot de créations incontournables, qui justifient à elles seules qu'on la redécouvre.
En 1936, la situation de l'Opéra-Comique est catastrophique : Pierre-Barthélémy Gheusi, qui doit démissionner, est remplacé à titre temporaire par Jacques Rouché, alors Directeur du Palais Garnier. Après trois ans d'efforts et une liquidation délicate de la succession Gheusi, Jacques Rouché propose de réorganiser les deux grandes scènes lyriques françaises. La loi du 14 janvier 1939 instaure un nouvel établissement public, la Réunion des Théâtres Lyriques Nationaux (R.T.L.N), chargé de la gestion artistique et financière de l’Opéra et de l’Opéra-Comique. L’administrateur, nommé par décret pour trois ans, a la responsabilité de nommer un directeur pour chaque théâtre, afin d’en assurer le fonctionnement courant, ainsi qu'un administrateur financier commun. Mais peu après cette métamorphose, la guerre éclate et suspend les réformes engagées. Après le départ de Jacques Rouché en 1945, accusé de collaboration, l’histoire de la R.T.L.N s’apparente à une suite de crises aiguës. La courte période durant laquelle Roger Pic officie à l’Opéra voit se succéder pas moins de cinq administrateurs (deux directeurs au Palais Garnier et six à l’Opéra-Comique).
Cette instabilité administrative n’est pas sans conséquence sur une politique artistique qui doit multiplier les grands noms internationnaux à l'affiche de reprises. Sous l’ère d’Aman Maistre Julien (1959-1962) se produisent notamment l’Italienne Renata Tebaldi dans Aïda et Tosca, l’Allemande Elisabeth Schwarzkopf dans Le Chevalier à la rose, aux côtés de chanteurs français tels que Albert Lance, Gabriel Bacquier ou encore Gérard Serkoyan. En 1962, Boris Godounov réunit notamment Miroslav Cangalovic, Régine Crespin et Paul Finel. Peu de nouvelles productions sont données. On notera toutefois la première remarquée de Carmen au Palais Garnier, qui fait de Jane Rhodes une diva connue du tout Paris. Dans le même temps, l’Opéra-Comique, dirigé par Marcel Lamy, semble plus à même d'offrir de nouvelles productions, comme Le Château de Barbe Bleue, Adieux et Vol de nuit.
Côté ballet, la direction de Julien coïncide en partie à celle du Maître de Ballet George Skibine. La plupart des spectacles représentés sont des reprises, à l’exception, notamment de Daphnis et Chloé dans les décors de Marc Chagall. Parmi les chorégraphes invités, citons Balanchine et sa Symphonie ou encore Anton Dolin avec Pas de quatre en 1959 où Lycette Darsonval fait ses adieux. Deux grandes créations de chorégraphes invités animent le Palais Garnier : il s'agit de Pas de Dieux de Gene Kelly et le ballet d’Arhakd Lander, Qarrtsiluni. Mais le ballet qui marque profondément le mandat de Julien est sans conteste l’intégrale du Lac des cygnes sur une chorégraphie de Vladimir Bourmeister, interprétée pour la première fois par le duo d’Etoiles Josette Amiel et Peter Van Dijk.
En 1962, Georges Auric prend la relève de Julien, dont le mandat s’achève dans un climat de conflit avec André Malraux, lié au renforcement de la tutelle du Ministère de la Culture sur la R.T.L.N. Georges Auric essaie de mettre en place une politique innovante en donnant des œuvres lyriques déjà consacrées à l’étranger mais inconnues en France, en remontant six ballets de Serge Lifar avec la participation du chorégraphe, en nommant Michel Descombey (à la place de George Skibine), en engageant Roland Petit et Maurice Béjart, en reconstituant une troupe lyrique avec Régine Crespin, Ernest Blanc, Rita Gorr et en rappelant Yvette Chauviré dans le corps de ballet, en engageant enfin de jeunes chefs d’orchestre tels que Serge Baudo et George Prêtre. De son mandat, on retiendra les mises en scène de Margarita Wallmann qui enchantent le public parisien, en particulier Don Carlos avec une distribution de premier choix, alternant entre Boris Christoff et Nicolas Ghiaurov dans le rôle-titre : cette production sera d'ailleurs reprise en 1975 par Rolf Liebermann. En 1963, la création de Wozzeck sous la direction de Pierre Boulez est un grand succès. La production est reprise trois ans plus tard. L'Opéra de Paris accueille également des productions invitées avec Salomé, Tristan et Isolde et La Walkyrie, créées initialement à Stuttgart et à Bayreuth. Entre 1962 et 1969, il continue d’inviter, le temps de quelques soirées, des artistes de renommée internationale tels que Maria Callas, Galina Vichnevskaïa, Franco Corelli, Jon Vickers, Elisabeth Schwarzkopf. Parallèlement à l’invitation de vedettes étrangères, Georges Auric s’efforce de redonner aux chœurs leur éclat, en nommant notamment un Maître d’études vocales.
Michel Descombey, qui a remplacé George Skibine au poste de Maître de ballet, reste jusqu’en 1969. Il réalise à l’Opéra Symphonie concertante en 1962 et But, un ballet original mêlant la danse et le basket, ainsi que des reprises telles qu’un Coppélia librement revisité. George Auric rappelle Serge Lifar en 1962 pour remonter six de ses ballets dont Mirages et Salade. Mais c’est vers deux chorégraphes français, Maurice Béjart et Roland Petit, que se tourne Georges Auric pour enrichir le répertoire : trois œuvres majeures de Roland Petit ponctuent ainsi la direction d’Auric - Notre-Dame de Paris en décembre 1965, Turangalila avec des décors de Marx Ernst et Paradis perdu dansé par Rudolf Noureev. Comme pour l’opéra, une politique d’invitation de vedettes est mise en place : outre Rudolf Noureev, les danseurs du Ballet de l’Opéra côtoient Margo Fonteyn, Eric Bruhn, Maïa Plisstskaya, Nicolas Fedeechev.
Georges Auric achève son mandat dans le courant du mois de mai 1968, en plein mouvement étudiant, sans que l’on connaisse le nom de successeur. C’est André Chabaud qui prend la direction par intérim avant d’être remplacé par René Nicoly qui aura pour but, avec l’aide de Marcel Landowski de négocier avec les syndicats afin de modifier les conventions collectives. S’ensuivent alors d’importants mouvements de grève, ainsi que des travaux de réfections, qui obligent les représentations à être données hors-les-murs, au Palais de Chaillot puis au Palais des Sports.
Le début de la décennie suivante, alors que Roger Pic ne photographie plus les productions de l’Opéra pour se concentrer sur le photojournalisme, est marqué par la réforme de la R.T.L.N en 1972 : chaque opéra aura désormais une direction, des services et une politique artistique indépendants. Ce n’est qu’un an plus tard, sous l’impulsion de Marcel Landowski, que Rolf Liebermann est placé à la tête de l’opéra.